[Graph] Graphalytics의 Graph data를 Matrix data로 변환하는 방법

Graph data

• Graphalytics에서는 테스트 및 표준 벤치 마크에 사용되는 Graph dataset를 제공한다.
  • https://graphalytics.org/datasets
  • "datagen-*" 로 시작하는 데이터가 임의로 만든 Graph dataset 이다.
  • 원하는 파일을 다운로드 후 압축을 해지하면 다양한 파일들이 존재한다.
    • 입력 데이터 (정점 및 에지 파일)
    • 각 알고리즘 (BFS, WCC, PR, CDLP, LCC, SSSP)에 대한 유효성 검사 데이터 및 메타 데이터 (속성 파일)
  • Matrix data를 사용하고 싶다면 확장자명이 .e로 끝나는 파일을 사용하면 된다.

Matrix data

• 확장자명이 .e로 끝나는 Matrix data를 활용하기 위해선 몇가지 전처리가 필요하다.

  • 1) vertex를 정렬 후 idx를 0부터 순서대로 재설정

  • 2) 행열에 해당하는 element 할당

  • 예제 코드

      import random
    
      inputfile = "/Users/bdlab/Downloads/datagen-7_5-fb/datagen-7_5-fb.e"
      outputfile = "/Users/bdlab/Desktop/Graph & Matrix data/Square Matrix data/Graphalytics/datagen-7_5-fb vertex 633432 edge 34185747"
    
      # vertex를 중복 없이 저장할 집합
      v_set = set([])
    
      # edge file을 읽어 모든 vertex를 중복 없이 저장
      with open(inputfile,"r") as e_file:
          for e in e_file:
              e_split = e.split(" ")
              v_set.add(int(e_split[0]))
              v_set.add(int(e_split[1]))
    
      # 저장 된 vertex를 오름차순 정렬한 뒤 idx를 0부터 순서대로 재할당
      v_dic = {}
      v_idx = 1
      for v in sorted(v_set):
          v_dic[str(v)] = v_idx
          v_idx += 1    
    
      # 최종 파일
      with open(outputfile,"a+") as wf:
          # Inputfile을 읽어 Outputfile에 쓰기
          with open(inputfile,"r") as e_file:
              for e in e_file:
                  e_split = e.split(" ")
                  wf.write(str(v_dic[e_split[0]])+" "+str(v_dic[e_split[1]])+" "+str(random.random())+"\n")